Après l'armistice de 1940, il se retrouve à Lyon où le frappe le premier statut des Juifs.
Il consacre ses loisirs forcés à l'activité sociale et entraîne des centaines d'intellectuels juifs, qui subissent momentanément le même sort que lui, vers l'apprentissage d'un métier manuel, à l'école professionnelle de la Martinière à Lyon.
Le Consistoire central, replié dans la même ville, le coopte comme délégué de la Communauté de Nancy et M. Léon Meiss va pouvoir collaborer à l'organisme national du judaïsme français, assailli par de nouvelles et délicates tâches. Lorsque son président, Jacques Helbronner, est déporté, M. Léon Meiss n'hésite pas à prendre les responsabilités de la présidence de l'Union des Associations cultuelles israélites et signe le courrier et les protestations : "pour le président empêché".
Bien que traqué par la Gestapo, il assume jusqu'à la Libération des fonctions que nul ne songeait à lui jalouser, sauvant des centaines de Juifs et de résistants en leur fournissant des papiers d'identité, veillant à la continuation de la célébration du culte, à la fabrication des mazoth, malgré des circonstances dramatiques.
En pleine occupation, M. Léon Meiss, conscient de la nécessité d'opérer un regroupement plus vaste que celui qu'autorise la loi de 1905, prépare dans le secret de la clandestinité ce qui sera, la Libération venue, le Conseil représentatif des juifs de France. Il prendra la présidence de cette institution, qui constitue l'expression de la communauté de France tout entière.
En 1944, le Consistoire central nomme M. Léon Meiss à sa présidence. Il occupera ces fonctions jusqu'en 1950, préoccupé surtout de veiller à la reconstruction spirituelle et matérielle des communautés dispersées par l'occupation. Dès la fin de 1944, il se rend à New York, accompagné du grand rabbin Jacob Kaplan et de M. Guy de Rothschild. Il reçoit le grade de Doctor honoris causa du Jewish Theological Seminary. Ses démarches aboutissent à l'obtention de subventions américaines pour la reprise des activités religieuses en France. Des rouleaux de la Torah offerts par l'AJDC (American Jewelry Design Council) sont très rapidement remis aux communautés pillées, au cours d'une cérémonie solennelle.
Ce sont alors les années où M. Léon Meiss, nommé vice-président au Tribunal de la Seine, puis Conseiller à la Cour d'appel de Paris, préside non seulement le Consistoire Central, mais encore le CRIF, l'ORT-France, l'Union-ORT, l'OSE-France. Pour remédier à une situation financière douloureuse qui inhibe la communauté dans toutes ses institutions, M. Léon Meiss fonde le Fonds Social Juif Unifié.
Devenu président de Chambre à la Cour de Paris, nommé conseiller à la Cour de Cassation, il a l'occasion de présider d'importantes affaires judiciaires, notamment les procès Récy et Hardy. M. Léon Meiss, actuellement en position de congé spécial, est officier de première classe de justice militaire, assimilé au grade de colonel de réserve.
Sa santé délicate ne l'empêche cependant pas de continuer à servir la communauté. Il est président d'honneur du Consistoire Central, du Keren Kayemeth Leisraël, du Service Social des Jeunes, de l'OEuvre des orphelins israélites de guerre, de l'Amicale Montevideo.
En 1947, M. Léon Meiss a été nommé chevalier de la Légion d'honneur à deux titres différents (du ministère de l'Intérieur, et de la Résistance), dans la même promotion. Il est officier de la Légion d'honneur depuis 1953, au titre du ministère de la justice.
Président du Musée d'art juif, de l'école de cadres Gilbert-Bloch, du home de vieillards "Self-Help" et du Centre Universitaire d'Etudes juives, M. Léon Meiss ne cesse de se préoccuper de la vie spirituelle et matérielle du judaïsme français.
L'activité de son épouse, notamment au sein de la Wizo, est notoire : elle a constamment aidé son mari dans son activité sociale et religieuse.