Jean Hirsch naît le 10 janvier 1932 à Strasbourg, il est le fils de Marcel Hirsch et de Camille, née Strauss.
Sa sœur Nicole naît en 1933. Leur enfance se déroule à Hatten.

En 1940, au début de la seconde guerre mondiale, leur père est engagé dans l'armée française et le reste de la famille quitte l'Alsace pour se réfugier à La Chatre dans le Berry. 
Marcel Hirsch est fait prisonnier de guerre en Allemagne, d’où il est renvoyé avant la fin des hostilités  pour motifs médicaux. Après la Libération, la famille déménage à Paris où le père reçoit des soins médicaux, mais celui-ci succombera en 1946.
Madame Hirsch et ses enfants vont vivre à Balbronn.

Jean Hirsch termine ses études secondaires à la yeshiva d'Aix-les-bains en 1950. Il retourne alors à Strasbourg pour y étudier la médecine.

Il ouvre son cabinet médical en 1961, et c'est cette même année qu'il épouse Francine Lévy.
Trois enfants leur naîtront :  Marc-Alain, Florence et Mariane.

Jean Hirsch entreprend une brillante carrière de médecin généraliste, et il se spécialise dans les maladies des artères et des veines. En parallèle, il poursuit ses études de la Bible et des textes du Talmud.

Passionné par la connaissance des religions, il voyage beaucoup avec son épouse, notamment en Inde et en Asie.

En 1997 il prend sa retraite, et commence à jouer au golf. Il se consacre surtout aux études juives, et soutient en 2006 une thèse de doctorat à l'université Marc Bloch de Strasbourg :
Opinion talmudique et rabbinique sur quelques aspects de la dogmatique chrétienne et son évolution.

Ce travail universitaire sera suivi de plusieurs publications :

• 2007 : Regard talmudique sur la tradition chrétienne (Ed. Connaissances et Savoirs)
  Le judaïsme et le christianisme partagent leurs origines et reposent sur un texte central: la Bible. Dès lors, partant d’une base commune, comment expliquer les approches sensiblement différentes de ces deux religions monothéistes ?
  À travers ses lectures talmudiques, ses références au midrash, et même des textes du Moyen Âge, tels que celui de Hasdaï Crescas pourtant soumis à polémique, l’auteur va répondre aux questions essentielles et donner l’ensemble des éléments de compréhension des points de divergences de ces deux religions. Il ressort que la conception de Dieu (père) reste la même, mais que l’anthropologie change du tout au tout. L’auteur étudie les citations de l’Ancien Testament reprises dans le Nouveau Testament, se risque à une explication de La Trinité en partant de données juives et termine en traitant quelques problèmes dogmatiques actuels, en premier lieu celui de l’incarnation.
  Un dialogue authentique entre juifs et chrétiens ne peut avoir lieu qu’en l’absence de crispation identitaire, c’est-à-dire que chacune des deux religions accepte que l’autre puisse le connaître et émettre un avis sur sa réalité profonde.
  Un ouvrage sans parti pris, empreint de respect et de tolérance.
• 2013 : Les monothéismes dans leur simplicité (Ed. l'Harmattan)
  Jean Hirsch ausculte les trois monothéismes: livrant une analyse comparative entre les trois principaux monothéismes, il souligne leurs les points communs et leurs différences. Il analyse avec précision tout un ensemble de textes sacrés.
• 2013 : Sacrifices et Talmud (Ed. du Cerf)
  La destruction du second temple lors de la prise de Jérusalem en l'an 70 abolit tout culte sacrificiel et suscite une profonde crise politique et religieuse. La qualité et la validité du sacrifice sont fonction des pensées de l'offrant et de celles du prêtre officiant ; les actes rituels indispensables doivent être effectués avec les pensées adéquates; le pardon devient central. Le Talmud et la Torah ne se contredisent que de manière apparente sur le rituel du sacrifice, qui devient ainsi le "terreau d'une immense réflexion". De rituel, le sacrifice devient objet d'étude. A travers une lecture minutieuse du texte biblique, Jean Hirsch nous fait entrer dans le monde passionnant et complexe du Talmud, dont il dégage la théologie profonde.
• 2015 : Schismes et religions (Ed. l'Harmattan)
  L'auteur fait le constat d'un schisme important au sein de l'Islam entre sunnites et chiites. Avec la montée en puissance de Daech qui poursuit un processus fondamentaliste sunnite visant à éliminer tout ce qui peut entacher l'unicité divine et qui s'oppose ainsi aux chiites, les divergences semblent s'aggraver. Mais qu'en est-il des deux autres monothéismes ? Existe-t-il des fractures d'intensité telles qu'on en trouve dans l'islam ?
• 2021 : Talmud, conscience et parole (Ed. L'Harmattan)
  L'auteur suggère, à l'appui de nombreux exemples, des similitudes entre les modes de raisonnement talmudiques et les démarches de la psychanalyse - paru à titre posthume.

En 2017, la communauté juive de Strasbourg  l'honore du titre de Haver.

Jean Hirsch décède à Strasbourg le 7 novembre 2018 (à 86 ans).