En 1894 il épouse Coralie Hecker, native de Soultz, qui lui donnera trois enfants : Anne, première femme pédiatre en Alsace ; Roger, devenu plus tard Pierre Villon et Marthe, épouse de Léon Roos, installée à Sélestat.
Moïse Ginsburger étudie les archives des communes de Soultz-Guebwiller, et il en fait l'inventaire en recensant les archives municipales. Il crée en 1903 un hebdomadaire Die Strasburger israelitsche Wochenschrift, où il publie régulièrement le fruit de ses recherches.
Le 1er janvier 1905, la Société d'Histoire des Israélites d'Alsace et de Lorraine (Gesellschaft für die Geschichte der Israeliten in Elsass-Lothringen) est créée à Mulhouse. Son programme prévoit la constitution des archives, la création d'un musée juif, l'inventarisation des monuments historiques et des pierres tombales, ainsi que la promotion de publications sur l'histoire des Juifs en Alsace et en Lorraine. En 1908, la Société ouvre un département juif dans les locaux du Musée Alsacien de Strasbourg. Un an plus tard, elle disposera au même endroit d'une salle supplémentaire pour y déposer ses archives et sa bibliothèque. Moïse Ginsburger est le secrétaire général de la Société et sa force motrice. Dès 1909 il élabore une conception de ses archives.
Juste avant la déclaration de guerre de 1914, le grand rabbin du Haut-Rhin Isidore Weil démissionne pour aller s'installer en Suisse. Moïse Ginsburger, qui est alors aumônier militaire, assure l'intérim avec le rabbin Joseph Zivy. Peut-être espère-t-il devenir officiellement grand rabbin à la fin de la guerre, mais on lui préfèrera Ernest Weill, un rabbin de stricte observance. En effet, Ginsburger appartient à la "Vereinigung der Liberalen Rabbiner Deutschlands" (Association des rabbins libéraux d'Allemagne), et il a signé en 1912 les célèbres "Richtlinien zu einem Programm für das Liberale Judentum" (Directives pour un programme de judaïsme libéral), mais son "libéralisme" reste assez proche de la tradition.
M. Ginsburger s'installe alors à Strasbourg, où il partage son temps entre la Bibliothèque nationale et universitaire, les lycées où il donne des cours de religion, et la Faculté des Lettres où il est chargé d'enseignement. A la Bibliothèque, il rédige en 1923 le catalogue imprimé des manuscrits hébreux, araméens, syriaques et mandéens. Il a d'ailleurs appris spécialement le chinois pour pouvoir classer les documents. Il consacre aussi son temps aux activités de la Société d'Histoire des Israélites d'Alsace et de Lorraine.
En 1930 il crée une revue d'histoire, Souvenir et science, qui disparaîtra en 1934, mais qui constitue encore actuellement une source de référence pour les chercheurs.
Entre 1939 et 1945, M. Ginsburger se réfugie à Clermont-Ferrand où il poursuit ses travaux, notamment dans le domaine de la généalogie qui le passionne. C'est ainsi qu'il termine une généalogie des Bloch de Soultz. Cette étude ne sera jamais été publiée mais elle existe sous forme de manuscrit dactylographié. D'autre part, il fournit des certificats aux Juifs alsaciens, prouvant que leurs familles étaient françaises depuis cinq générations : ces documents peuvent les mettre à l'abri – dans une certaine mesure – des lois antisémites promulguées par le Gouvernement de Vichy.
A la fin de la guerre il s'installe à Sélestat où il vivra ses dernières années. Son état de santé s'est aggravé : difficultés à marcher, tremblements que l'on décèle dans son écriture parfois hésitante, notamment dans les lettres envoyées à son fils. Toutefois il publiera encore une étude importante sur La première communauté israélite de Strasbourg
Moïse Ginsburger est mort le 11 août 1949, au 16 de la rue de Verdun à Sélestat. Il est enterré au cimetière de Jungholtz dont il a été l'historien. L'oeuvre abondante qu'il a laissée demeure aujourd'hui encore le fondement de toute étude sur l'histoire des Juifs d'Alsace.
Textes de Moïse Ginsburger publiés sur le Site du judaïsme d'Alsace et de Lorraine
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